二月，丁巳，上发东都；甲戌，至京师。
二月丁巳日，皇上从东都出发。甲戌日，皇上回到京城。
夏，五月，癸未，徙安西都护府于龟兹，以旧安西夏为西州都督府，镇高昌故地。
夏季五月癸未日，朝廷将安西都护府迁到龟兹，把原来的安西都护府恢复为西州都督府，镇守高昌故地。
六月，营州都督兼东夷都护程名振、右领军中郎将薛仁贵将兵攻高丽之赤烽镇，拔之，斩首四百馀级，捕虏百馀人。高丽遣其大将豆方娄帅众三万拒之，名振以契丹逆击，大破之，斩首二千五百级。
六月，营州都督兼东夷都护程名振、右领军中郎将薛仁贵率领军队攻打高句丽的赤烽镇，攻占那里，斩获四百多人的首级，擒获一百多人。高句丽派大将豆方娄率领部众三万人抵抗，程名振用契丹军队迎战，大破敌军，斩获两千五百人的首级。
秋，八月，甲寅，播罗哀獠酋长多胡桑等帅众内附。
秋季八月甲寅日，播罗哀獠的酋长多胡桑等人率领部众归顺朝廷。
冬，十月，庚申，吐蕃赞普来请婚。
冬季十月庚申日，吐蕃赞普来朝廷求婚。
中书令李义府有宠于上，诸子孩抱者并列清贵。而义府贪冒无厌，母、妻及诸子、女婿，卖官鬻狱，其门如市，多树朋党，倾动朝野。中书令杜正伦每以先进自处，义府恃恩，不为之下，由是有隙，与义府讼于上前。上以大臣不和，两责之。十一月，乙酉，贬正伦横州刺史，义府普州刺史。正伦寻卒于横州。
中书令李义府受到皇上的宠信，众多还在怀抱中的儿子一并跻身高贵显要之列。可是李义府贪得无厌，母亲、妻子和儿子、女婿，售卖官位以及利用诉讼受贿，门庭若市，广结党羽，权势震动朝廷内外。中书令杜正伦经常以前辈自居，李义府仰仗恩宠，不愿在他之下，从此产生矛盾，和李义府在皇上面前争论。皇上因为大臣不和，对双方加以责备。十一月乙酉日，朝廷将杜正伦贬为横州刺史，将李义府贬为普州刺史。杜正伦不久后在横州去世。
阿史那贺鲁既被擒，谓萧嗣业曰：“我本亡虏，为先帝所存，先帝遇我厚而我负之，今日之败，天所怒也。吾闻中国刑人必于市，愿刑我于昭陵之前以谢先帝。”上闻而怜之。贺鲁至京师，甲午，献于昭陵。敕免其死，分其种落为六都督府，其所役属诸国皆置州府，西尽波斯，并隶安西都护府。贺鲁寻死，葬于颉利墓侧。
阿史那贺鲁被擒获以后，对萧嗣业说：“我本来是个流亡的罪人，被先帝所收留，先帝对待我很优厚而我却背叛他，今天的失败，是上天对我的惩罚。我听说在中原对人处以死刑一定在集市上，希望将我在昭陵前处死来让我向先帝谢罪。”皇上听说后很怜悯他。阿史那贺鲁被押送到京城，甲午日，在昭陵举行献俘仪式。皇上赦免他的死罪，分割他的部族设置六个都督府，附属于他的各国都设置州府，向西一直到波斯，一并隶属于安西都护府。阿史那贺鲁不久后死去，葬在颉利的坟墓旁。
戊戌，以许敬宗为中书令，大理卿辛茂将为兼侍中。
戊戌日，朝廷任命许敬宗为中书令，大理卿辛茂将兼任侍中。
开府仪同三司鄂忠武公尉迟敬德薨。敬德晚年闲居，学延年术，修饰池台，奏清商乐以自奉养，不交通宾客，凡十六年。年七十四，以病终，朝廷恩礼甚厚。
开府仪同三司鄂忠武公尉迟敬德去世。尉迟敬德晚年在家闲居，学习延长寿命的方法，修饰池塘台榭，演奏清商乐来自得其乐，不结交宾客，共十六年。他享年七十四岁，因病去世，朝廷对他的恩宠和礼遇非常优厚。
是岁，爱州刺史褚遂良卒。
这一年，爱州刺史褚遂良去世。
雍州司士许祎与来济善，侍御史张伦与李义府有怨，吏部尚书唐临奏以祎为江南道巡察使，伦为剑南道巡察使。是时义府虽在外，皇后常保护之。以临为挟私选授。
雍州刺史许祎和来济相友善，侍御史张伦和李义府有矛盾，吏部尚书唐临奏请任命许祎为江南道巡察使，张伦为剑南道巡察使。当时李义府虽然被贬在外地，但是武皇后经常保护他，认为唐临选任官吏时心怀私人感情。
显庆四年己未，公元六五九年
四年（己未，公元659年）
春，二月，乙丑，免临官。
春季二月乙丑日，朝廷罢免唐临的官职。
三月，壬午，西突厥兴昔亡可汗与真珠叶护战于双河，斩真珠叶护。
三月壬午日，西突厥兴昔亡可汗和真珠叶护在双河交战，将真珠叶护斩首。
夏，四月，丙辰，以于志宁为太子太师、同中书门下三品；乙丑，以黄门侍郎许圉师参知政事。
夏季四月丙辰日，朝廷任命于志宁为太子太师、同中书门下三品。乙丑日，朝廷任命黄门侍郎许圉师为参知政事。
武后以太尉赵公长孙无忌受重赐而不助己，深怨之。及议废王后，燕公于志宁中立不言，武后亦不悦。许敬宗屡以利害说无忌，无忌每面折之，敬宗亦怨。武后既立，无忌内不自安，后令敬宗伺其隙而陷之。
武皇后因为太尉赵公长孙无忌领受重赏却不帮助自己，怀有很深的怨恨。在讨论废黜王皇后时，燕公于志宁持中立态度不说话，武皇后也不高兴。许敬宗多次对长孙无忌陈说利害关系，长孙无忌总是当面斥责，许敬宗也有怨恨。武皇后被册立，长孙无忌内心不安，武皇后命令许敬宗寻找机会来陷害他。
会洛阳人李奉节告太子洗马韦季方、监察御史李巢朋党事，敕敬宗与辛茂将鞫之。敬宗按之急，季方自刺，不死，敬宗因诬奏季方欲与无忌构陷忠臣近戚，使权归无忌，伺隙谋反，今事觉，故自杀。上惊曰：“岂有此邪！舅为小人所间，小生疑阻则有之，何至于反！”敬宗曰：“臣始末推究，反状已露，陛下犹以为疑，恐非社稷之福。”上泣曰“我家不幸，亲戚间屡有异志，往年高阳公主与房遗爱谋反，今元舅复然，使朕惭见天下之人。兹事若实，如之何？”对曰：“遗爱乳臭儿，与一女子谋反，势何所成！无忌与先帝谋取天下，天下服其智；为宰相三十年，天下畏其威；若一旦窃发，陛下遣谁当之？今赖宗庙之灵，皇天疾恶，因按小事，乃得大奸，实天下之庆也。臣窃恐无忌知季方自刺，窘急发谋，攘袂一呼，同恶云集，必为宗庙之忧。臣昔见宇文化及父述为炀帝所亲任，结以昏烟，委以朝政；述卒，化及复典禁兵，一夕于江都作乱，先杀不附己者，臣家亦豫其祸，于是大臣苏威、裴矩之徒，皆舞蹈马首，唯恐不及，黎明遂倾隋室。前事不远，愿陛下速决之！”上命敬宗更加审察。明日，敬宗复奏曰：“去夜季方已承与无忌同反，臣又问季方：‘无忌与国至亲，累朝宠任，何恨而反？’季方答云：‘韩瑗尝语无忌云：“柳奭、褚遂良劝公立梁王为太子，今梁王既废，上亦疑公，故出高履行于外。”自此无忌忧恐，渐为自安之计。后见长孙祥又出，韩瑗得罪，日夜与季方等谋反。’臣参验辞状，咸相符合，请收捕准法。”上又泣曰：“舅若果尔，朕决不忍杀之；若果杀之，天下将谓朕何！后世将谓朕何！”敬宗对曰：“薄昭，汉文帝之舅也，文帝从代来，昭亦有功，所坐止于杀人，文帝遣百官素服哭而杀之，至今天下以文帝为明主。今无忌忘两朝之大恩，谋移社稷，其罪与薄昭不可同年而语也。幸而奸状自发，逆徒引服，陛下何疑，犹不早决！古人有言：‘当断不断，反受其乱。’安危之机，间不容发。无忌今之奸雄，王莽、司马懿之流也；陛下少更迁延，臣恐变生肘腋，悔无及矣！”上以为然，竟不引问无忌。戊辰，下诏削无忌太尉及封邑，以为扬州都督，于黔州安置，准一品供给。祥，无忌之从父兄子也，前此自工部尚书出为荆州长史，故敬宗以此诬之。
正逢有洛阳人李奉节告发太子洗马韦季方、监察御史李巢结党营私的事情，朝廷敕令许敬宗和辛茂去审问他们。许敬宗审讯得很急迫，韦季方自杀，没有死。许敬宗趁机捏造罪名奏报韦季方想和长孙无忌陷害忠臣和皇亲，使大权归于长孙无忌，来寻找机会图谋反叛，现在事情败露，所以自杀。皇上吃惊地说：“怎么会有这种事呢？舅舅被小人离间，因为猜疑而产生小的隔阂是有的，哪里至于要反叛！”许敬宗说：“我详细推究事情的经过，反叛的罪行已很显露，陛下还认为可疑，恐怕不是国家的福运。”皇上哭着说：“我家门不幸，亲戚之间多次有人产生反叛之心，当年高阳公主和房遗爱图谋反叛，现在国舅又是这样，让我没脸去见天下人。这件事如果属实，该怎么办？”许敬宗回答说：“房遗爱是个年少无知的小子，和一个女人图谋反叛，怎么会成功呢！长孙无忌和先帝谋划夺取天下，天下人敬服他的智慧。他担任宰相三十年，天下人畏惧他的权威。如果有一天他暗中发难，陛下派谁来抵挡他？现在仰赖宗庙的神灵，皇天痛恨邪恶的人，借助调查小案件，竟然发现大奸人，实在是天下人的喜事。我私下里担心长孙无忌知道韦季方自杀，陷入困窘而实施阴谋，挥动衣袖大呼一声，共同作恶的人聚集起来，一定会成为国家的祸患。我从前见过宇文化及的父亲宇文述深受隋炀帝的信任，两家结为姻亲，将朝政托付给他。宇文述死后，宇文化及又主管禁军，一天晚上在江都作乱，先杀死不服从自己的人，我的家人也被他杀害，于是大臣苏威、裴矩这样的人，都在他的马前舞蹈拜服，只怕来不及表示忠心，在天亮以后就推翻了隋朝。此前发生的事情并不遥远，希望陛下赶快决断！”皇上命令许敬宗仔细调查。第二天，许敬宗再次上奏说：“昨天晚上韦季方已承认和长孙无忌一同反叛，我又问韦季方：‘长孙无忌和皇帝是至亲，历朝受到信任，为了什么仇恨而反叛？’韦季方回答说：‘韩瑗曾经对长孙无忌说：“柳奭、褚遂良劝您立梁王为太子，现在梁王已经被废，皇上也猜疑您，所以把高履行调到外地。”从此长孙无忌忧虑害怕，逐渐谋划自保的计策。后来见到长孙祥又被调到外地，韩瑗获罪，就从早到晚和韦季方等人谋划反叛。’我查验供词和事实，都相符合，请求按照法律逮捕他。”皇上又哭着说：“如果舅舅真的是这样，我也决不忍杀死他，天下人将会认为我是什么人！后世子孙将会认为我是什么人！”许敬宗回答说：“薄昭，是汉文帝的舅舅，汉文帝从代国来长安即位，薄昭也有功劳，他所犯的罪只是杀人，汉文帝让百官穿上丧服哭着将他处死，到现在天下人也认为汉文帝是明君。现在长孙无忌忘记两朝的大恩，图谋篡夺帝位，他罪恶和薄昭不可同日而语。幸亏罪恶的行迹败露，叛逆之人服罪，陛下迟疑什么，还不早下决心！古人有话说：‘应当决断却不能决断，反而要受祸乱的连累。’在安危的关键时刻，情况已经十分危急。长孙无忌是当今的奸雄，是王莽、司马懿那样的人物。陛下稍微拖延，我担心变故发生在身边，就追悔莫及了！”皇上认为很有道理，竟然没有召见长孙无忌来审问。戊辰日，朝廷下诏削夺长孙无忌的太尉之职和封地，任命他为扬州都督，安置在黔州，按照一品官员的标准提供俸禄。长孙祥，是长孙无忌堂兄的儿子，在此之前在工部尚书任上被外派为荆州长史，所以许敬宗借此诬陷长孙无忌。
敬宗又奏：“无忌谋逆，由褚遂良、柳奭、韩瑗构扇而成；奭仍潜通宫掖，谋行鸩毒，于志宁亦党附无忌。”于是诏追削遂良官爵，除奭、瑗名，免志宁官。遣使发道次兵援送无忌诣黔州。无忌子秘书监驸马都尉冲等皆除名，流岭表。遂良子彦甫、彦冲流爱州，于道杀之。益州长史高履行累贬洪州都督。
敬宗又奏报：“长孙无忌谋划叛逆，是由褚遂良、柳奭、韩瑗勾结煽动而成的。柳奭频繁暗中串通宫中的人，阴谋投毒，于志宁也结党攀附长孙无忌。”于是朝廷下诏削夺褚遂良的官职和爵位，将柳奭、韩瑗除名，罢免于志宁的官职。朝廷派使者在沿途征兵协助押送长孙无忌到黔州。长孙无忌的儿子秘书监驸马都尉长孙冲等人都被除名，流放到岭南。褚遂良的儿子褚彦甫、褚彦冲被流放到爱州，在途中被杀死。益州长史高履行经多次降职被贬为洪州都督。
五月，丙申，兵部尚书任雅相、度支尚书卢承庆并参知政事。承庆，思道之孙也。
五月丙申日，兵部尚书任雅相、度支尚书卢承庆一并担任参知政事。卢承庆，是卢思道的孙子。
凉州刺史赵持满，多力善射，喜任侠，其从母为韩瑗妻，其舅驸马都尉长孙铨，无忌之族弟也，铨坐无忌，流巂州。许敬宗恐持满作难，诬云无忌同反，驿召至京师，下狱，讯掠备至，终无异辞，曰：“身可杀也，辞不可更！”吏无如之何，乃代为狱辞结奏。戊戌，诛之，尸于城西，亲戚莫敢视。友人王方翼叹曰：“栾布哭彭越，义也；文王葬枯骨，仁也。下不失义，上不失仁，不亦可乎！”乃收而葬之。上闻之，不罪也。方翼，废后之从祖兄也。长孙铨至流所，县令希旨杖杀之。
凉州刺史赵持满，力气大而善于射箭，喜欢行侠仗义。他的姨妈是韩瑗的妻子，他的舅舅驸马都尉长孙铨，是长孙无忌的族弟，长孙铨因长孙无忌获罪，被流放嶲州。许敬宗担心赵持满发难，就诬陷他和长孙无忌一同谋反，通过驿站召他到京城，关进监狱，用尽酷刑来审问他，赵持满始终没有招认，说：“可以杀死我，但是供词不能更改！”狱吏没有办法，就代替他写供词结案上奏。戊戌日，朝廷将他处死，在城西陈尸示众，亲属都不敢去看。他的朋友王方翼叹息说：“栾布为彭越哭泣，是道义。周文王掩埋枯骨，是仁德。我对下不失道义，对上不失仁德，不也可以吗！”于是他收殓赵持满的尸体并埋葬。皇上听说后，没有追究。王方翼，是废皇后的堂兄。长孙铨来到流放地，当地县令迎合许敬宗的意思用木棍将他打死。
六月，丁卯，诏改《氏族志》为《姓氏录》。
六月丁卯日，朝廷下诏改《氏族志》为《姓氏录》。
初，太宗命高士廉等修《氏族志》，升降去取，时称允当。至是，许敬宗等以其书不叙武氏本望，奏请改之，乃命礼部郎中礼志约等比类升降，以后族为第一等，其馀悉以仕唐官品高下为准，凡九等。于是士卒以军功致位五品，豫士流，时人谓之“勋格”。
当初，太宗命令高士廉等人撰修《氏族志》，据此提高或降低以及选取或舍弃姓氏，当时人称赞他处理得当。到这时，许敬宗等人认为书中没有收录武姓及其起源，上奏请求修改。朝廷于是命令礼部郎中孔志约等人比照原书提高或降低，将皇后的家族列为第一等，其他族姓都按照在唐朝做官的品级高低为标准，一共分为九等。从此士兵凭借军功提升到五品，就进入士人之列，当时人称其为“勋格”。
许敬宗议封禅仪，己巳，奏：“请以高祖、太宗俱配昊天上帝，太穆、文德二皇后俱配皇地祇。”从之。
许敬宗提议制定封禅的礼仪，己巳日，奏报：“请求以高祖、太宗同时配祭昊天上帝，太穆、文德两位皇后同时配祭皇地祇。”皇上采纳。
秋，七月，命御史往高州追长孙恩，象州追柳奭，振州追韩瑗，并枷锁诣京师，仍命州县簿录其家。恩，无忌之族弟也。
秋季七月，朝廷命令御史前往高州追捕长孙恩，前往象州追捕柳奭，前往振州追捕韩瑗，一并带枷锁押回京城，于是命令州县查抄他们的家产并登记在册。长孙恩，是长孙无忌的族弟。
壬寅，命李勣、许敬宗、辛茂将与任雅相、卢承庆更共覆按无忌事。许敬宗又遣中书舍人袁公瑜等诣黔州，再鞫无忌反状，至则逼无忌令自缢。诏柳奭、韩瑗所至斩决。使者杀柳奭于象州。韩瑗已死，发验而还。籍没三家，近亲皆流岭南为奴婢。常州刺史长孙祥坐与无忌通书，处绞。长孙恩流檀州。
壬寅日，朝廷命令李勣、许敬宗、辛茂将和任雅相、卢承庆一同重新调查长孙无忌的案件。许敬宗又派中书舍人袁公瑜等人去黔州，再次审问长孙无忌反叛的罪行，到那里就逼迫长孙无忌上吊自杀。朝廷诏令将柳奭、韩瑗就地斩首。使者在象州杀死柳奭。韩瑗已经死去，使者挖开坟墓验明尸体后返回。查抄三家的财产，他们的近亲都被流放岭南做奴婢。常州刺史长孙祥因为写信给长孙无忌而获罪，被处以绞刑。长孙恩被流放到檀州。
八月，壬子，以普州刺史李义府兼吏部尚书、同中书门下三品。义府既贵，自言本出赵郡，与诸李叙昭穆；无赖之徒藉其权势，拜伏为兄叔者甚众。给事中李崇德初与同谱，及义府出为普州，即除之。义府闻而衔之，及复为相，使人诬构其罪，下狱，自杀。
八月壬子日，朝廷任命普州刺史李义府兼吏部尚书、同中书门下三品。李义府身居高位之后，自称祖先出自赵郡李氏，和宗室众李姓子弟排列辈分。无赖之徒攀附他的权势，拜认他为哥哥或叔叔的人有很多。给事中李崇德当初和李义府同一谱系，等到李义府调任普州刺史时，就将其从族谱中除名了。李义府听说后怀恨在心，等到再次担任宰相，就指使人编造罪名诬陷他，将他关进监狱，自尽而死。
乙卯，长孙氏、柳氏缘无忌、奭贬降者十三人。高履行贬永州刺史。于志宁贬荣州刺史，于氏贬者九人。自是政归中宫矣。
乙卯日，长孙氏、柳氏因为长孙无忌、柳奭的关系被贬降的有十三人。高履行被贬为永州刺史。于志宁被贬为荣州刺史，于姓被贬降的有九人。从此朝政大权就掌握在武皇后手中了。
九月，诏以石、米、史、大安、小安、曹、拔汗那、北拔汗那、悒怛、疏勒、硃驹半等国置州县府百二十七。
九月，朝廷诏令在石、米、史、大安、小安、曹、拔汗那、悒怛、疏勒、朱驹半等国设立州、县、府一百二十七处。
冬，十月，丙午，太子加元服，赦天下。初，太宗疾山东士人自矜门地，昏姻多责资财，命修《氏族志》例降一等；王妃、主婿皆取勋臣家，不议山东之族。而魏征、房玄龄、李勣家皆盛与为昏，常左右之，由是旧望不减，或一姓之中，更分某房某眷，高下悬隔。李义府为其子求昏不获，恨之，故以先帝之旨，劝上矫其弊。壬戌，诏后魏陇西李宝、太原王琼、荥阳郑温、范阳卢子迁、卢浑、卢辅、清河崔宗伯、崔元孙、前燕博陵崔懿、晋赵郡李楷等子孙，不得自为昏姻。仍定天下嫁女受财之数，毋得受陪门财。然族望为时俗所尚，终不能禁，或载女窃送夫家，或女老不嫁，终不与异姓为昏。其衰宗落谱，昭穆所不齿者，往往反自称禁婚家，益增厚价。
冬季十月丙午日，太子加冠，大赦天下。当初，太宗厌恶山东士人自夸门第，与人通婚时多索取钱财，命令撰修《氏族志》的时候照例降级一等，王妃、驸马都从功臣家里选择，不考虑山东的大家族。可是魏徵、房玄龄、李勣家都热衷于和他们通婚，经常帮助他们，因此他们原来的声望并没有降低。有时候同一族姓之中，再分出某一旁支，地位高低相差悬殊。李义府为儿子向山东士族求婚不成，怨恨他们，所以用先帝的旨意，劝说皇上纠正这一弊端。壬戌日，朝廷诏令北魏陇西人李宝，太原人王琼，荥阳人郑温，范阳人卢子迁、卢浑、卢辅，清河人崔宗伯、崔元孙，前燕博陵人崔懿，晋赵郡人李楷等人的子孙，不得擅自通婚。于是规定天下人嫁女儿接受钱财的数目，不得接受陪门财。然而大家族被当时人所推崇，始终不能禁止通婚，有人用车载着女儿私下送到男方家里，有的人女儿年纪很大也不出嫁，终究不愿意和小姓人家通婚。那些因为衰败而在族谱中失载，被同族看不起的人，却经常自称是被禁止通婚的人家，趁机多收取陪门财。
闰月，戊寅，上发京师，令太子监国。太子思慕不已，上闻之，遽召赴行在。戊戌，车驾至东都。
闰十月戊寅日，皇上从京城出发，命令太子监理国政。太子经常思念父母，皇上听说后，召他到行宫。戊戌日，皇帝来到东都。
